遺跡調査は地面に現れた遺物や遺跡を探す作業である指標調査と, 遺跡の指標の下を掘って遺物や遺跡について体系的に調査する発掘調査があります。
発掘調査は, 更に学術的に重要と判断される遺跡を対象に実施する計画発掘と各種工事などによって破壊される危険に晒されている遺跡を対象に実施する緊急発掘の2種類に分けられます。
本博物館で実施した代表的な発掘遺跡としては, 徳川洞古墳群, 老圃洞古墳群, 杜邱洞林石遺跡, 福泉洞古墳群, 加達古墳群, 萬徳洞寺跡, 堂甘洞城跡, 海雲台旧石器遺跡, 金丹串堡城跡, 清江里古墳群, 東三洞貝塚, 凡方貝塚などを挙げることができます。