이 발굴조사는 동삼동패총 정화사업에 따른 매장문화재 사전조사로써 1999년 5월 17일부터 8월 14일까지 실시되었다. 동삼동패총 유적에서 유물포함층과 순패층으로 구성된 9개층서를 확인하였고, 유구는 유아용 옹관묘 1기와 수혈주거지 3동이 조사되었다. 출토유물은 토기류, 석기류, 골각기, 장신구, 자연유물 등 매우 다양하게 출토되었으며, 1,000여점에 이른다. 동삼동패총 유적은 기존의 연대측정치와 각 층에서 출토된 융기문 토기를 포함한 즐문토기류의 형식적 특징, 패층의 퇴적상태 등으로 보아 B.C.5,000에서 B.C.1,000년까지 약 4,000년간 계속하여 형성된 것으로 추정되며, 유적의 중심시기는 신석기 중기의 태선침선문토기 문화단계로 판단된다. 그리고 결합식 조침을 비롯한 각종 작살류와 상어, 다랑어 등의 대형 어류, 고래, 강치, 바다사자 등 해수류의 존재 등으로 미루어 볼 때 동삼동패총인들은 먼바다에서 고기잡이를 하는 외해성 어업을 주요 생업기반으로 하였으며, 다량으로 출토된 일본산 흑요석과 일본 죠몽토기, 국내에서 최대량이 출토된 수백점의 조개팔찌 등의 성격을 통해 당시에 교역활동이 활발히 이루어졌음을 파악할 수 있다. 이번 조사를 통해 기존 동삼동 패총의 성격과 문화내용을 재검토할 수 있는 계기를 마련하였고 체계적인 정밀조사를 통해 한반도 신석기문화를 연구하는데 크게 기여할 것으로 판단된다. 또 국내에서 처음으로 확인된 한반도 최고의 옹관묘 구조의 분묘형태는 신석기시대 묘제 연구에 중요한 자료가 될 것으로 기대된다. 특히, 최하층 융기문토기층의 확인은 한반도 남부지역 최고의 토기문화인 융기문토기문화의 변화과정을 구체적으로 밝히는 데 단서가 될 것으로 생각되며, 다양한 형태와 재질로 만든 각종 장신구와 조개팔찌는 신석기시대의 의식세계와 생활습속의 이해 뿐만아니라 당시 지역사회간의 교역실태를 규명할 수 있는 실마리를 제공할 것으로 기대된다.
