동래 복천동 고분군에 대한 제5차 발굴조사는 고분군의 정화계획에 따라 정화대상구역인 고분군 주위의 담장 설치 지역과 고분군의 서남쪽에 설치되는 후문지의 파괴되는 고분을 대상으로 하였다. 1993년 11월 30일부터 12월 19일까지 20일간 담장설치 지역과 후문지에 대한 유구확인 조사를 실시한 결과 주·부곽을 포함하여 34기의 목곽묘를 확인하였다. 유구 확인 결과에 따라 1994년 3월 28일부터 80일간을 예정으로 제5차 발굴조사를 실시하였다. 당초 계획은 확인된 34기의 유구에 대한 발굴조사였으나 발굴조사 중 담장 설치 방법과 후문지의 위치가 변경되고, 또한 정화공사 중 유구의 파괴를 최소한으로 줄이기 위해, 당장 설치 지역의 조사보다는 고분군 전체의 미확인 유구에 대한 확인 조사가 시급한 실정이었다. 이에 따라 공사가 시급한 고분군의 남쪽지역(제 4차 발굴조사지의 남쪽지역)에 대한 발굴조사를 실시하면서 고분군 전체에 대한 유구확인 조사를 병행하였다. 발굴조사는 당초 계획보다 지연되었으며 예산 부족으로 7월 20일까지 전반기 조사를 실시하였다. 당시 발굴 조사된 유구는 23기였으며 확인된 유구는 1993년도 확인 분을 제외하고 70여기에 달한다. 전반기 조사 후 복천동 고분군의 정화사업을 추진하고 있는 부산시 종합건설본부와 협의하여 공사로 인해 불가피하게 파괴되는 지역에 대한 추가조사를 실시하기로 하였다. 후반기 조사는 1994년 10월 4일부터 1995년 1월 26일까지 실시하였다. 제4차 발굴조사 지역의 서쪽 조사면, 야외 전시관이 건립되는 53호분과 54호분 주위, 주차장 건립으로 일부 삭토되는 제1차 발굴조사 지역의 동쪽 사면, 제4차 발굴 조사 중 주택의 미철거로 조사하지 못한 제 38호분 주곽 등이 조사대상이었다. 조사내용은 다음과 같다. 1993년도 당장 설치지역 및 후문지에 대한 유구 확인 조사는 담장 설치지역을 따라 너미 1m의 유규확인 트렌치를 설정하여 조사하였으며, 후문지 즉 제4차 발굴조사지역의 서쪽사면에는 동서로 너비 1m, 간격 2m의 트렌치를 설정하여 유구의 존재를 확인하였다. 후문지의 제4차 발굴조사지역의 서쪽사면에서 12기, 남쪽사면에서 9기 및 담장 설치지역에서 13기의 유구가 확인되었다. 1994년도 전반기 조사는 이들 34기에 대한 발굴조사였으나 후문지의 이동 및 담정 설치방법의 변경으로 공사가 시급한 제 4차 발굴조사지역의 남쪽사면과 야외전시관 건립지를 중점적으로 발굴조사하고 전체 고분군에 대한 미발굴 유규의 확인조사를 실시하였다. 제4차 발굴조사 지역의 남쪽에서는 목곽묘 11기, 석곽묘 3기, 옹관묘 2기 등 16기의 분묘가 조사되었고, 야외전시관 주위에서는 부곽이 있는 목곽묘와 석곽묘가 각 1기씩 조사되었다. 제1차 발굴조사지의 동쪽에서 주차장 예정지의 옹벽공사 중 석곽묘 2기와 목곽묘 1기가 노출되어 수습하였으며, 고분군의 최북단인 영보단 동쪽에서 석곽묘 2기를 조사하였다. 유구 확인조사에서 확인된 유구는 발굴 조사된 것과 1993년도 조사시 확인된 것을 제외하고