1997년 6월 20일에서 9월 12일까지 부산시 강서구 녹산동 산 129-4번지 일대 진해~부산간 국도 2호선 확장공사구간의 금단곶보성지가 발굴조사되었다. 조사결과 보존상태가 향호한 옹성이 조사되어 발굴조사에 대한 문화재관리국의 심의결과 원형보존결정이 통보되었다. 그러나 부산지방국토관리청이 문화재위원회에 재심의를 요청하여 기 조사된 성벽의 정밀조사와 옹성 북측성벽의 추가발굴을 조건으로 한 옹성으로부터 30m 이격하여 도로개설이 허가되었다. 이에 따라 금단곶보성지발굴조사는 99년 8월 4일 구제발굴조사를 실시하였으나 우회도로 개설공사로 10월 2일 발굴을 일시 중단하였고, 우회도로가 개설된 99년 10월 11일 발굴을 재개하여 11월 24일 조사를 종료하였다. 추가발굴조사결과는 다음과 같다. 옹성 북측 정상부의 길이 약200m 성벽구간에 성벽과 정상부 능선 사이에 넓이 4.2m~10.6m에 걸쳐 분포되어 있던 석재를 제거하여 성벽이 노출되었다. 성벽은 바닥에 두께 약 20cm의 잡석을 깔고 외벽에서 약1m안쪽까지 판석상의 지대석을 보도블럭상으로 놓은 뒤 약간 뒤로 물려 기단석을 배치하고 그 위에 성벽석을 쌓았다. 또한 기단부의 1m바깥에서 기단부를 보호하기 위한 것으로 보이는 높이 50cm내외의 보조석축도 확인되었다. 북쪽 정상부에서 동남쪽으로 내려오는 성벽은 약5m 간격으로 0.5~1m 정도 높이차를 유지하면서 기단부가 수평을 유지하고 있어 경사진 기존 지형을 구간별로 적절히 삭평하면서 성벽을 축조해 나간 것으로 확인되었다. 외벽의 성벽석을 기준으로 한 성폭은 6m로 내벽의 경우 폭 4.5m 지점에서 초축으로 보이는 석벽이 조사되었는데, 30~50X30~70cm정도 크기의 할석을 마름모꼴로 놓고 그 사이를 석재로 맞물리게 축조하였다. 최종적으로 성벽을 횡단하는 조사갱을 설치하여 단면을 조사하였는데, 방어력이 필요한 외벽쪽 2~3m지점까지는 판석상의 지대석을 깔고 비교적 큰 돌로써 성벽을 축조하였고, 상대적으로 방어력이 덜한 내벽까지의 사이에는 할석을 채운것으로 보인다. 1차조사때 확인된 치의 경우 가로2.7~3mX세로5m 규모로 높이 1m 정도 잔존되어 있다. 한편, 1차 조사때 치의 외곽에 배수로로 추적되었던 석축은 보조석축으로 밝혀졌다. 치의 동쪽 경사지 성벽의 경우 경사면의 생토층을 폭 3m~4m, 높이 약1m 되게 계단식으로 조성하고, 조성된 평면의 아래쪽 수직면에는 삭평한 생토면 높이 만큼 그 내부를 할석으로 채운 되 그 위에 이 보다 단이 높은 곳의 삭토면 높이까지 축대를 쌓고 다시 그 사이를 할석으로 수평을 맞추면서 반복적으로 채운 것으로 추정된다. 기초면 조성에 있어서 내벽 쪽에서 외벽쪽으로 생토면을 「ㄴ」자형으로 판뒤 외벽쪽 폭 3m 정도 바닥에는 판석을 지대석으로, 내벽쪽으로는 50~60X30~6cm 크기의 할석을 바닥에 한벌 깔았다. 외벽 쪽에는 북쪽 정상부에서와 같이 대형의 성벽석이 세워지고 그 안에 할석이 채워 진 것으로 보이나 내벽쪽으로는 흙을 채워
